Windows, согласно этой информации обновление корневых сертификатов производится с помощью Certificate Trust List — CTL. Хотя из статьи следует, что это какая то примочка для кеширования списка сертификатов на локальном сервере, поиск услужливо подсказывает, что существует authrootstl.cab, подписанный Microsoft, которому Windows, начиная с 7, доверяет безоговорочно, и обновляет его каждую неделю, а в случае установки обновления KB3004394 — каждый день.

В консоли (MMC) можно добавить сертификаты, к которым нет доверия, но вот удалить корневой сертификат не так то просто.

Вдохновившись недавним скандалом с объединением WoSign и StartCom, решил удалить какой-нибудь стремный сертификат из Windows 7. Выбор пал на Izenpe.com (‎06 e8 46 27 2f 1f 0a 8f d1 84 5c e3 69 f6 d5), ибо баски и SHA-1. Но не тут-то было. После удаления корневого сертификата и захода на https://www.izenpe.com из Chrome 55.0.2883.87 m сертификат появился в списке сторонних корневых центров сертификации, и, соответственно, в списке доверенных корневых центров сертификации. Что, в принципе, ожидаемо.

Google Chrome attempts to use the root certificate store of the underlying operating system to determine whether an SSL certificate presented by a site is indeed trustworthy, with a few exceptions.
https://www.chromium.org/Home/chromium-security/root-ca-policy

Повторить трюк с Firefox 50.1.0 не вышло, те используют внутри браузера свое хранилище сертификатов. С Internet Explorer 11.0.9600.18163 трюк повторяется.

Казалось бы, виновники найдены. Но нет, берем https://opensource.apple.com/source/security_certificates/security_certificates-55036/roots/Izenpe-RAIZ2007.crt и открываем через Расширения оболочки шифрования, то бишь двойным щелчком.

И видим, что сертификат доверенный.

Это как вообще? Заходим в консоль и видим, что злосчастный сертификат есть в списке доверенных корневых центров сертификации.

А может Windows все неизвестные корневые сертификаты подтягивает в доверенное хранилище? Берем OpenSSL, генерируем корневой сертификат, открываем. Недоверенный.

А я уже раскатал губу, что удастся подписывать своим CA сертификаты для гитхаба. Хотя ни одна из записей реестра, описанная в статье на technet не существует по умолчанию ни в Windows 7, ни в Windows Server 2012, по всему видно, что имеется захардкоженный список доверенных сертификатов, не видимый ни в реестре, ни в групповых политиках, ни в консоли управления.

https://habrahabr.ru/post/319698/